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菏泽市牡丹区图书馆坐落于菏泽市南华南街32号，牡丹区第二小学错对过，前身是菏泽县立中山图书馆，始建于1928年7月。1930年与民众教育馆合并，成为民众教育馆的一个图书室。1949年菏泽县文化馆成立后，下设图书室。1956年9月文化馆、图书馆分家，正式成立菏泽县图书馆。1958年秋，又与文化馆合并。1966年“文化大革命”开始，图书室关闭，图书全部封存，直至1972年图书室才恢复正常工作。经过几次的分合和变迁，再加上文革的破坏，藏书损失惨重，图书馆基本上名存实亡。1983年县改市后，与文化馆分家，成立了菏泽市图书馆。1988年政府先后拨款114万元，在原址（菏泽老南华公园）扩建图书馆楼，1989年10月1日新馆建成正式对外开放，馆舍面积增加到2115平方米，藏书达62166册，阅览座席增加到240个。2009年在第四次全国公共图书馆评估中，首次获得一级图书馆。2010年12月菏泽撤地改市，随之改名为菏泽市牡丹区图书馆。2011年全面实施免费开放。2013年在第五次全国公共图书馆评估中，再次获得一级图书馆 <ref>[http://www.gov.cn/gzdt/2013-03/21/content_2359371.htm 文化部将开展第五次公共图书馆评估定级工作]，中央政府门户网站，2013-03-21</ref> 。2014年10月启动了“图书馆+尼山书院”建设。

牡丹区图书馆现有工作人员16人，其中，本科学历9人，专科学历4人，中专以下3人；高级职 称5 称<ref>[https://www.sohu.com/a/434474602_120668696 评高级职称需要什么条件?哪些机构可以评职称?]，搜狐，2020-11-26</ref>5 人，中级职称6人，初级职称5人。藏书总量达177956册（件），其中，普通图书藏量129241册、件，期刊合订本9774册，报纸合订本8152册，连环画7459册，电子图书5633种/册，非书资料及视听文献17697种/册，数字资源总量为3.95TB。设有全国文化信息资源共享工程牡丹区支中心、尼山书院、外借部、报刊部、少儿部、采编辅导部、读者自助区七个分支机构，设有办公室、采编辅导部、普通图书外借部、过刊外借部、少儿借阅部、报刊阅览室、国学经典阅览室、盲文阅览室、公共电子阅览室、中控室、国学讲堂、少儿活动中心、陈列中心、鲁西南民间艺术品陈列室、资源加工室、传统文化体验区、数字资源借阅区和馆藏文献目录查询区等18个对外服务窗口和项目。拥有阅览座席240个，计算机52台，100Mbps宽带接入，实现了馆内WLAN全覆盖。