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玻尔离开北平后一个月，就发生了卢沟桥事件，中国进入了8年艰苦卓绝的抗日战争以及后来的3年国内战争。在此期间，玻尔与中国联系不多，有交往的仅有张宗燧（物理学家，哲学家张东荪的儿子）、胡宁（物理学家）、罗忠恕（华西大学文学院院长、联合国教科文组织哲学顾问）等几位学者。特别是张宗燧，他在玻尔研究所工作时间最长，与玻尔交往最久，和玻尔一家建立了深厚的、感人的友谊。 <ref>[http://epaper.gmw.cn/zhdsb/html/2012-10/24/nw.D110000zhdsb_20121024_1-07.htm 　尼耳斯·玻尔与中国 ]中华读书报，2012年10月24日</ref>

玻尔成了丹麦的骄傲，全国广泛举行了庆祝他诞辰60周年和70周年的活动。在庆祝他60周年诞辰时，为他建立了40万克朗的独立基金，以便他用来鼓励各种研究活动。在祝他70周年诞辰时，国王授予他丹麦一级勋章，政府和科协会决定设立铸有他头像的玻尔金质奖章，用来奖励那些有卓越贡献的现代物理学家。

玻尔在暮年时，仍然积极参加组织活动和社会活动，为巩固各国科学家的国际合作而到处奔波，直到1962年11月18日与世长辞。

从此，人们失去了一位天才的科学家和思想家，一位争取世界和平和各国人民相互谅解的战士，一位纯朴、诚实、善良和平易近人的全人类的朋友。世界上许多国家的有关机构给丹麦皇家科学协会发来了无数唔电、信函，沉痛悼念这位科学巨人。