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《'''植物分类学报'''》(JSE)是我国生物学科 [[ 历史 ]] 最悠久的核心期刊，自1951年创刊以来发表的各项研究成果对探讨中国和 [[ 世界 ]] 植物区系的组成、起源和演化做出了重要贡献。

1978年在本刊 [[ 发表 ]] 的《中国蕨类植物科属系统排列和历史来源》一文最具代表性，作者 [[ 秦仁昌 ]] 院士因发表此文而获得了1993年度的国家自然科学奖一等奖。获2009年度国家自然科学奖一等奖的《中国植物志》曾引用JSE发表的研究成果达6016次。此外，《植物分类学报》有5篇文章分别于2003、2004、2007、2008 年获中国科协优秀学术论文奖，1篇文章于2017年获中国科协优秀科技论文农林集群优秀论文一等奖，2篇文章于2018、2019年分获中国科协优秀科技论文奖。2013–2018年JSE入选中国科技期刊国际影响力提升计划项目，2019年入选中国 [[ 科技 ]] 期刊卓越行动计划，2020年入选第27届北京国际图书博览会精品期刊展，连续9年荣获“中国最具国际影响力学术期刊”。

为了顺应学科的不断发展和国内外 [[ 学术 ]][[ 交流 ]] 的需要，2008年《植物分类学报》改英文刊名为“Journal of Systematics and Evolution (JSE)”，并于2009年成为全英文期刊，定位于“以分类、系统发生和进化为基础内容，涵盖进化生物学各领域研究的国际学术期刊”。经过十多年的努力，JSE发文的质量不断提高，国际化程度及国际影响力也日益提升。2014年，以葛颂、文军为共同主编的第十届编委会成立，并于当年9月在 [[ 深圳 ]] 成功召开高级编辑会议，讨论了期刊面临的机遇、挑战，明确了期刊的出版范围以及 [[ 未来 ]] 的发展方向，制订了具体的发展规划。其中一个重要举措就是设立JSE论文奖，以鼓励在JSE发表的高水平研究综述和研究论文，每年评选一次，包括优秀论文和青年优秀论文各2篇。JSE将为优秀论文作者颁发证书等。

2015年首次开展了优秀论文评选活动，候选论文为2008–2013年间在JSE发表的所有综述和研究论文。主要依据 [[ 文章 ]] 被引频次，从370篇文章中评选出20篇优秀论文。

自2016年起，JSE每年对前两年发表文章进行评选，由全体高级编辑根据文章被引频次以及 [[ 学术 ]] 影响力进行投票，确定入选优秀论文。