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1996年，该刊刊期改为季刊。
2014年12月，该刊成为中国原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊 。<ref>[5https://www.sohu.com/a/330591178_745007 学术期刊的级别、种类、等级，这篇文章全讲清楚了！]，搜狐，2019-07-31</ref>。
2019年，该刊从第三期开始，刊名由《广西师范学院学报（自然科学版）》更名为《南宁师范大学学报（自然科学版）》。
===影响因子===
据2020年11月24日中国知网 <ref>[https://www.sohu.com/a/413781226_734862 中国知网服务平台（海外版）已完成全面升级！]，搜狐，2020-08-18</ref> 显示，《南宁师范大学学报（自然科学版）》总被下载497817次、总被引11573次，（2019版）复合影响因子为0.398、（2019版）综合影响因子为0.235。
据2020年11月24日万方数据知识服务平台显示，《南宁师范大学学报（自然科学版）》被引量为14次、下载量为181次。