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福建医药杂志1984年获福州市先进[[集体]]称号；1992年6月获[[福建省]]首届优秀科技期刊二等奖；1996年10月获福建省第二届优秀科技期刊一等奖；1997年10月获华东地区优秀期刊 <ref>[https://www.sohu.com/a/215555808_99896157 国家级核心期刊，国家级优秀期刊，省级期刊……，总有你想要的那一本……] ，搜狐，2018-01-09</ref> 奖，同年获全国优秀科技期刊三等奖。

1997年本刊上网以来，相继成为[[中国学术期刊综合评价数据库]]来源期刊，中国期刊网中国学术期刊光盘版入编期刊，中国生物医学文献数据库收录期刊，并在“万方数据-数字化期刊群”全文上网， 被中国核心期刊（遴选）数据库收录；2001年被[[国家新闻出版署]] <ref>[https://www.sohu.com/a/393529479_100237836 刚刚，国家新闻出版署门户网站正式上线] ，搜狐，2020-05-07 </ref> 、国家科技部评为中国期刊方阵双效期刊。