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据2019年9月8日中国知网显示，《上海交通大学学报（医学版）》出版文献共11158篇，总被下载1193579次、总被引47118次，（2018版）复合影响因子为0.752、（2018版）综合影响因子 <ref>[https://www.sohu.com/a/238079108_100138206 重磅！2018年影响因子发布丨附完整名单]，搜狐，2018-06-27 </ref> 为0.594。据2019年9月8日万方数据知识服务平台显示，《上海交通大学学报（医学版）》载文量为6911篇，基金论文量为3350篇，被引量为29322次、下载量为417213次，2015年影响因子为0.83。

据2019年9月8日万方数据知识服务平台显示，《上海交通大学学报（医学版）》被引量为29322次、下载量为417213次，据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《上海交通大学学报（医学版）》影响因子为0.83，在全部统计源期刊 <ref>[https://www.sohu.com/a/220150994_100012190 关于统计源期刊，你了解多少？]，搜狐，2018-01-31 </ref> （6735种）中排第1460名，在大学学报（医药卫生）类刊（114种）中排第47名。