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收录《山东中医药大学学报》的国内重要数据库和权威性文摘期刊有：中国科技期刊数据库、中国期刊全文数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中国科学引文数据库、中国核心期刊（遴选）数据库、中国期刊网、中国学术期刊（光盘版）、中国生物学文献数据库、中国生物学文摘、中文科技资料目录（中草药）、中文科技资料目录（医药卫生）、中国医学文摘（中医）、中国药学文摘、全国报刊索引（自然科学技术版）。并被国家科技部信息所列为“中国科技论文统计源期刊”、“中国科技核心期刊”。《山东中医药大学学报》多次获政府有关部门的奖励与表彰： 1989年获得全国高等学校自然科学学报优秀编辑质量评比三等奖（由国家新闻出版署期刊司、国家教委科技司颁发证书）；1995年获得国家中医药管理局组织的首届全国中医药优秀期刊评比二等奖；1996年在山东省科技期刊质量评估中被评为优秀科技期刊；2000年获得国家中医药管理局组织的第二届全国中医药优秀期刊评比二等奖；2004年在山东省科技期刊质量评估中被评为优秀科技期刊。2007年在国家中医药管理局组织的第二届“以岭杯”全国中医药优秀期刊评比中被评为二等奖；2011年获中国高校科技期刊“优秀期刊”。2012年在国家中医药管理局第四届全国中医药优秀期刊评选中，获二等奖；2014年新闻出版广电总局为严格学术期刊出版资质，组织开展了学术期刊认定工作，确定了全国第一批认定学术期刊名单榜上有名；2016年在中国高校科技期刊评选中被评为“优秀期刊”；2017年被评为山东省高校学报研究会“优秀期刊”；2018年被评为中华中医药学会系列期刊年度“优秀期刊”。

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