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学校设有神学、法律、医学、哲学 <ref>[https://www.sohu.com/a/360345938_372471 专业丨哲学：让人变得更聪明的专业]，搜狐，2019-12-14</ref> 、生物和地理、物理和化学、教育、体育、经商管理、数学和信息科学、社会学等11个学科，下属10个系和研究所。该校高分子和临床医学被欧盟评为欧洲最佳研究院。塔尔图大学是爱沙尼亚最大，最古老的国立大学，并在北欧及整个欧洲都享有很高的声誉和地位。

在伊拉斯谟交流项目中，塔尔图大学已经与26个国家超过200个高校建立了基于伊拉斯谟框架内的合作，该项目的主要交流国家为法国，德国，芬兰，意大利和西班牙。除此之外塔尔图大学还积极与全球共60多个国家建立了校际合作。如今，塔尔图大学也已经与中国各大高校建立了交流合作项目，如 清华大学，同济大学，香港浸会大学，东南大学， 上海交通大学 <ref>[https://www.sohu.com/a/480586751_120012547 高校之上海交通大学] ，搜狐，2021-07-31</ref> ，上海大学等高等院校。