變更

曼祖基奇因为在这个赛季不适应拜仁的新任主教练[[佩普·瓜迪奥拉]]的战术而令他在季初的表现并不理想。瓜迪奥拉把拜仁的阵式转为4-2-3-1从而取代前任主帅[[积普·希基斯|尤普·海因克斯]]的4-1-4-1阵式。虽然曼祖基奇花了一些时间来适应，但他仍然在联赛裡有着正常的发挥。他在[[2013年至2014年德国足球甲级联赛]]赛季最初两轮比赛都首发上阵并射入2球。曼祖基奇在欧冠小组赛主场安联球场对阵[[莫斯科中央陆军足球俱乐部|莫斯科中央陆军]]的比赛中打进自己在这个欧冠赛季的第一个进球，协助拜仁3:0大胜对手。他在11月作客[[比尔森胜利足球俱乐部|比尔森胜利]]的欧冠小组赛中顶入全场比赛唯一进球，协助拜仁锁定淘汰赛阶段名额以及打破欧冠连续9场连胜纪录。曼祖基奇在12月德甲冬季休赛期前一轮对阵[[汉堡体育俱乐部|汉堡]]的比赛中打进自己在本赛季第10个德甲进球。在[[2013年世界俱乐部杯|2013年俱乐部世界杯]]半准决赛对阵中国俱乐部[[广州恒大]]的比赛中，曼祖基奇在上半场44分钟接应队友[[蒂亚戈·阿尔坎塔拉]]的传中将皮球顶入，令拜仁在半场领先对手2:0。他最终帮助拜仁在随后对阵[[卡萨布兰卡拉贾竞技俱乐部|拉贾卡萨布兰卡]]的决赛中以2:0击败对手，第一次捧起此项锦标。在德甲冬季休赛期完结后，曼祖基奇落选拜仁对阵[[门兴格拉德巴赫足球俱乐部|门兴格拉德巴赫]]的十八人大名单。据报导，瓜迪奥拉因为对他在训练中的表现不为所动，而决定不将他放入十八人名单之中。<ref>{{cite web|title=Arsenal target Mario Mandzukic left out of Bayern squad as rift with Pep Guardiola deepens |url=http://www.mirror.co.uk/sport/football/transfer-news/arsenal-transfer-target-mandzukic-left-3058664|publisher=mirror.co.uk|accessdate=6 February 2014}}</ref><ref>{{cite web|title=Guardiola denies rift with striker Mandzukic|url=http://www.fourfourtwo.com/news/guardiola-denies-mandzukic-rift|publisher=FourFourTwo|accessdate=6 February 2014}}</ref>及后在下一轮对阵[[斯图加特足球俱乐部|斯图加特]]的比赛中，曼祖基奇重返拜仁的十八人名单。一星期后，曼祖基奇在拜仁对阵[[法兰克福足球俱乐部|法兰克福]]的比赛开场12分钟便传出一个精确传球予队友[[马里奥·格策]]令他替拜仁首开纪录。曼祖基奇在法定时间完结前1分钟打进一球从而协助拜仁在主场大胜对手5:0。<ref>{{cite web|title=Mandzukic stakes his claim|url=http://www.bundesliga.com/en/liga/news/2013/0000285027.php|publisher=www.bundesliga.com|accessdate=6 February 2014|date=4 February 2014|deadurl=yes|archiveurl=https://web.archive.org/web/20140228025828/http://www.bundesliga.com/en/liga/news/2013/0000285027.php|archivedate=2014-02-28}}</ref>2014年2月12日，曼祖基奇在德国杯半准决赛作客汉堡的比赛中做出他在这个赛季的第一个帽子戏法，协助拜仁以5:0大胜对手。<ref>{{cite web|title=Mandzukic hits hat-trick as Bayern rout hapless Hamburg 5–0|url=http://www.straitstimes.com/breaking-news/sports/story/football-mandzukic-hits-hat-trick-bayern-rout-hapless-hamburg-5-0-2014021|publisher=Straitstimes| accessdate=13 February 2014 | date=13 February 2014}}</ref>随后曼祖基奇在对阵[[汉诺威96足球俱乐部|汉诺威]]的比赛中接应队友[[ 拉芬拿|-{zh-hans: 拉菲尼亚;zh-hk:拉芬拿;zh-tw:拉菲尼亚;}-]]的传球打进自己在德甲联赛的第100个进球。<ref>{{cite web|title=Muller brace keeps Bayern rolling|url=http://msn.foxsports.com/foxsoccer/bundesliga/story/hannover-0-4-bayern-munich-thomas-muller-thiago-alcantara-mario-mandzukic-bundesliga-week-22-match-report-022314|publisher=foxsports.com| date = 23 February 2014 | accessdate = 23 February 2014}}</ref>虽然曼祖基奇在这个赛季以26球进球成为拜仁阵中最佳射手，但他仍然在[[2014年德国杯决赛]]被主教练瓜迪奥拉剔出18人大名单。<ref>{{cite news|title=Bayern Munich and Borussia Dortmund set for German Cup final|url=http://www.bbc.co.uk/sport/0/football/27446201|accessdate=16 May 2014|newspaper=[[BBC Sport]]|date=16 May 2014}}</ref>其后，曼祖基奇开始表示自己因为踢球风格与主教练瓜迪奥拉的理念不相同而打算离开拜仁。<ref>{{cite news|title="Es ist das Beste, dass wir uns trennen"|url=http://www.sueddeutsche.de/sport/mario-mandzukic-beim-fc-bayern-das-beste-dass-wir-uns-trennen-1.1991717|accessdate=9 June 2014|publisher=Süddeutsche Zeitung|date=9 June 2014|language=de}}</ref>