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周巷镇地处慈溪市西部，东与长河镇、天元镇相接，南接余姚市低塘街道，西南靠朗霞街道，西与小曹娥镇相邻，北临杭州湾，东北连接庵东镇。全镇版图总面积82.58平方公里，镇中心大致位于北纬30°12′49″，东经121°06′37″。

周巷镇位于东海之滨，属杭州湾南岸宁绍平原，全镇海拔高度在50米以下。