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==爭議==

<div style="margin-bottom:20px; margin-top:20px;">

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">臺大校長遴選，第一階段遴選工學院[[楊永斌]]教授勝出，李嗣涔至第二輪投票才過半，而包括[[陳建仁]]教授及康明昌教授等具相當學術成就的學者，卻因政治因素被捨棄。臺大工學院院長[[楊永斌]]甚至在公開信中說：「二０一位臺大校務代表長期觀察所做的決定，比不上教育部五位委員四十分鐘的答詢」。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">李嗣涔的[[特異功能]]研究涉及到可以手指識字的中日混血女學生高橋舞。在一次[[TBS電視台]]主辦的節目中，美國魔術師和超自然現象調查員[[詹姆斯•蘭迪]]認為高橋舞於實驗中作弊。儘管詹姆斯•蘭迪提出了質疑，但TBS電視台最終的播放仍然捨棄失敗的部分，以高橋舞的完美測字為結局。另一次在美國也被抓到以魔術手法作弊。李嗣涔說，手指識字研究也曾經過不同學者驗證。1999年，國家同步輻射研究中心主任陳建德等十多名臺大、清大及中研院物理學者曾受邀"參觀"高橋舞手指識字的過程，但不得檢視實驗者自備的道具，來賓被安排的觀察位置(即觀察角度)亦不許調整。他和陳建德合作的手指識字論文，曾刊登在「國際照護期刊」；他和電機系另一名教授用核磁共振攝影，測量手指識字時腦部的功能變化，也在全球最重要的功能性核磁共振國際會議上發表論文，證明研究絕非「偽科學」。李嗣涔表示，高橋舞接受別的物理系教授測試時也曾失敗，主因在於人是情緒的動物，一旦包裝紙條等測試方式改變，都要經適應期才會恢復原有能力。陳建德則指出，他見證高橋舞的手指識字成功率超過九成五，物理系教授不應因她失敗過就全盤否認；任何人都不應以實驗沒有百分之百成功，就完全否定實驗成果，否則人類科學不會進步。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">自2004年起，李嗣涔在氣功、特異功能與資訊場的研究方面認為資訊場與[[俄國人]][[理論物理學家]]所描述過的[[撓場]]性質相近，而於近期往這方向研究中，以[[水晶]]及功能人進行撓場的發射與接收等測試。有過論文與書籍，認為撓場是有爭議性的研究，其研究者的學術地位亦為人所議論。而認同撓場理論的李嗣涔在臺灣大學校長遴選時也造成一定的風波。 1998年俄國科學院成立了一個對抗偽科學研究的特別委員會，其領導人Edward P. Kruglyakov博士曾發表了一系列文章，證明Shipov博士所做的撓場研究為偽科學。此外，在楊信男登於2007年3月份科學月刊的信件指出：「李嗣涔坦承他不清楚Shipov的理論，但一直堅信Shipov的扭場就是他自創的資訊場，可是卻從不提及俄國科學院對Shipov扭場理論調查的結果，對俄國科學院指出其理論謬誤視而不見，明確違反了科學研究者應有的基本態度，和公正原則中的「避免因主觀立場影響研究結論」」。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">撓場部份的研究，李教授之研究生論文封鎖十年事件，臺大物理系楊信男教授指出：「因此，我到臺大總圖書館館藏的『臺大博碩士論文資料庫』，希望能影印一份，以便仔細拜讀研究。詎料，在我告知系上同仁此想法次日，李嗣涔便越過一般的程式，直接以電話要求臺大圖書館鎖住該論文，在10年內不許任何人參閱」違反學術倫理。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">多所學校為了爭取中國大陸學生而犧牲臺生權益、並以國家資源補貼陸生：其中臺大部分學院為中國大陸學生募款（碩士生40萬、博士生50萬）卻從未幫清寒學生或助教獎助金短缺募款。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">李嗣涔曾經表示要替大陸學生募款，可是臺大卻同時砍除研究生的獎助學金、這些獎助學金是由學費裡面固定比例撥款的。

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<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">但是也有知情人士表示：臺大研究生學費中的23.5%理論上會作爲獎勵金回饋給研究生，但大陸生學費的23.5%卻不能夠回饋，而且大陸研究生繳納的學費分別是本地學生，僑生和外籍生的三倍，一直被質疑歧視性地區別對待。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2011年5月，李嗣涔以公開信建議臺大學生在職場為爭取未來機會，要注意一些問題，其中包括不要太關心薪資、上下班時間等。由於現時臺灣的受雇者及年輕人權益日趨不合理，李嗣涔以臺大校長的身份，發表相關言論被認為會成為雇主壓榨勞工的藉口，因此遭到批評；[[勞委會]]主委[[王如玄]]針對此點表示，希望企業守法，她對勞工及年輕人薪資過低不滿意，而且經濟不好的年輕人沒辦法「不在乎薪水」，王如玄建議年輕人在職場上應該注重生涯規劃及自身權益。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">而據國外機構[[瑞士]]洛桑管理學院的評比顯示，臺灣受顧者薪資嚴重低於其應得薪資。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">李嗣涔面對社會批評，仍堅持其意見，說這是職場[[潛規則]]。對此外界觀點認為就算是好意也會造成不好的結果，而且潛規則常是阻礙國家發展的陋習、也經常是逼姦及性朝貢的同義詞。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2012年6月，臺大學生會基於[[連署]]（希望在臺大校園內設立紀念碑的[[網路連署人數]]已破六千三百多人，其中臺大校友也多達二千五百多人）在臺大校務會議提案設立[[陳文成事件]]紀念碑，雖有不少院系所代表（含教授與學生）發言支持，但因少數教授反對，李嗣涔以主席身分名為修訂而實則擋下提案，僅裁示陳文成事件是重要的歷史事件，經校務會議投票決定交校史館廣邀各界研議，未來有機會納入臺大校史。相較於1970年在美國紐約市「四二四槍擊蔣經國案」的主角[[黃文雄]]於5月獲[[國立政治大學]]選為[[首屆傑出校友]]，李嗣涔的保守心態在網路上備受奚落與抨擊。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">同年7月2日，一群臺大師生與來賓為陳文成在當年事故現場舉辦追思紀念晚會，由所有參加者捧著燭光和一塊石頭，堆在現場一顆大樹下圍成一圈，用行動藝術象徵由民眾為陳文成立碑。臺大數學系教授[[楊維哲]]一開始就表示對於李嗣涔感到很不屑，他說由於之前每年7月2日剛好是他大學入闈的時間，陳文成事件發生時，他剛好在闈場裡面，每次想到這裡他都會很痛苦。劇作家馮光遠開玩笑的說，或許以後每個臺大學生經過陳文成事故現場時，就用手指表示看到一些靈異的東西，或許曾發表手指識字研究報告的李嗣涔就會很緊張的說：「好吧，好吧，快點幫他立碑。」歌手張睿詮則改編李嗣涔給畢業生的14點叮嚀，希望他不要輕易說出「這不是我的工作」或「這太簡單了，找別人做」等推諉的話，也不要說出「沒辦法、我不會或太困難了」的洩氣話。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2012年11月15日臺大84周年校慶，為抗議臺大欲取回紹興南街校地而向弱勢居民提出返還不當得利訴訟，聲援學生以及住戶自救會成員集結於新體育館外抗議。校方打破不讓軍警進入校園的不成文慣例，讓轄區警方大安分局派出數十名警力進入校園「維持秩序」，築成人牆擋在會場正門，並援引集會遊行法，舉「行為違法」牌要求群眾立刻解散。</p>

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