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计算机学院设置计算机科学系、[[网络工程]]系、物联网工程 <ref>[https://www.sohu.com/a/295854841_372524 什么是物联网工程 ]，搜狐，2019-02-20</ref> 系三个教学系，现有[[计算机科学与技术]]、网络工程、[[物联网工程]]3个本科专业、1个计算机应用技术专科专业。计算机专科专业于1994年开始招生，2002年成立计算机与信息工程系，2017年成立计算机学院。现有教职工55人，其中副教授以上职称人员18人，博士、硕士学位获得者占比90%以上，45岁以下教师48人，是一个朝气蓬勃、充满活力、奋发向上的团队。

学院积极加强专业建设和学科建设，现有校级校企合作专业(方向) 7个，市厅级工程实验室1个，校级跨学科平台1个，校级重点实验室1个，与多家企业签订战略合作协议。1人被评为学科带头人，1人被评为中青年学术骨干，3人入选[[菏泽学院]]“5136”人才工程第三层次人才，3人入选第四层次人才。2人入选山东省创新创业教育导师库专家，2人被评为“[[大学生]]心目中的十佳教师”，2人被评为菏泽学院教学名师，现主持国家自然科学基金1项，山东省自然科学基金2项，山东省高等学校科技计划项目5项。近年来发表学术论文190余篇，EI检索 <ref>[https://www.sohu.com/a/214063796_607269 如何查找论文是否被SCI,EI检索]，搜狐，2018-01-02</ref> 论文40余篇。出版专著2部，教材8部。积极发展新一代[[信息技术]]，聘请山东大学软件学院博士生导师杨公平教授，担任菏泽学院人工智能研究院院长。有省级精品课3门，校级精品课6门。2019年《C语言程序设计》《线性代数》被认定为山东省一流本科课程。