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上海交通大学基础医学院现有国家“[[双一流]]”建设学科2个（基础医学 <ref>[https://www.sohu.com/a/434283002_120359414 基础医学是干什么的]，搜狐，2020-11-26</ref> 、药学），国家重点学科1个（病理学与病理生理学），教育部“[[211工程]]”重点建设学科4个（医学分子细胞生物学、医学免疫学、病理学与病理生理学、遗传发育与生殖生物学），上海市高水平地方性大学建设学科2个（基础医学、药学）。自1984年以来，经国务院学位委员会批准先后建立了5个一级学科博士学位授权点，基础医学、[[生物学]]2个博士后流动站，15个二级学科博士学位授权点，15个二级学科硕士学位授权点。

学院在编职工462人，其中专任教师285人，84 %获博士学位；正高职称75人，副高职称110人；[[博士生导师]]77人，硕士生导师46人。中科院院士1人；国家海外高层次人才计划2人，国家海外高层次人才计划青年项目18人；“万人计划”百千万工程领军人才”1人，“万人计划 <ref>[https://www.zhifuzi.com/news/102652.html 国家“万人计划”项目的具体政策是怎样的？ ]，知夫子研究院，2017-07-08</ref> ”青年拔尖人才2人；“长江学者”特聘教授3人，“长江学者”青年项目2人；973首席科学家5人；[[国务院]][[特殊津贴]]专家5人；人社部“百千万人才工程”国家级人选4人；教育部“高等学校教学名师”1人，全国优秀教师1人，“新世纪优秀人才支持计划”获得者4人；国家杰出青年科学基金获得者8人，国家自然科学基金委优秀青年基金获得者10人。在学科基地建设方面，拥有细胞分化与凋亡教育部重点实验室、上海市免疫学研究所、生殖医学上海市重点实验室、肿瘤微环境与炎症上海市重点实验室以及上海市知识服务平台-转化医学协同创新中心。自2015年“人才特区”政策实施以来，现有特聘教授16名，优秀青年教师计划27名，新增本土与引进PI团队34个，使课题组总数达到67个。