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体育科学部是学校二级学院 <ref>[http://www.gaosan.com/gaokao/328406.html 二级学院是什么意思]，高三网，2020-12-31</ref> ，是学校体育运动委员会常设工作机构。随着[[温州医科大学]]的发展历程，1958年学校从浙江医学院分迁至温州成立了体育教学组，1997年成立体育部，2007年成立体育科学学院，2006年至2016年共培养了十届300余名运动人体科学专业本科学生。2019年随着学校机构调整，从体育科学学院改成体育科学部，建立体育科学部党总支。

温州医科大学体育科学学院全面贯彻党的体育教育方针和政策，积极推行体育教学改革，大力开展全民健身活动，在体育教学、运动竞赛和运动人体科学专业人才培养等方面进行了积极地探索，为学校培养德、智、体全面发展 <ref>[https://www.sohu.com/a/422909158_99917963 未来最新教育方向，德智体美全面发展！ ]，搜狐，2020-10-05</ref> 的高素质人才做出了应有的贡献。学校于1993年和2002年先后承办第八届、第十一届浙江省大学生运动会，取得了圆满的成功，温州医科大学运动员在历届省大运会上曾获得多项优异成绩。2004年学校获得“浙江省高等学校体育”贡献奖；2007年在《浙江省高校贯彻体育工作条例》评估中获得优秀。2006年体育[[科学]]学院被[[温州市]]评为“创建学习型组织”先进班组；2010年被评为校“三育人”先进集体；2011被评为校“就业工作”先进集体。目前学院拥有设施齐全的体育场馆10余万平方米和投资300余万建立的运动人体科学教学实验中心。