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==歷史==
衛生福利部臺南醫院前身為日據時代「台南州立病院」（台灣總督府台南醫院），創立於西元1896年（民前16年）3月30日。民國34年台灣光復，由台灣省行政長官公署接收，正名為「省立台南醫院」。88年7月1日，精省後改隸行政院衛生署，更名為「行政院衛生署台南醫院」。102年7月23日，配合改制為「衛生福利部臺南醫院」。
衛生福利部台南醫院為區域暨教學醫院，照護大台南地區民眾的健康，已超過百年了。本院積極朝「大台南地區健康的守護者」的願景努力，深耕社區，拓展本院的服務範圍。93年6月成立第一個社區醫療群，至同年10月已成立了8 個群，97年更達13個社區醫療群，照顧範圍涵蓋了台南縣、市社區民眾，為全國擁有社區醫療群加入最多之醫院。
94年2月結合成醫、署南兩家醫院優秀之甲狀腺診治菁英團隊，成立「成大署南策略聯盟甲狀腺中心」，3月開辦「醫學美容中心」與「磁振造影檢查中心」，95年1月啟用「健檢中心」，96年11月成立健康生活廣場，落實「安全醫療、深耕社區、健康促進、追求卓越」經營理念。95年再與成醫策略聯盟成立「骨科中心」與「外科中心」，並成為成醫器官移植合作醫院，且於同年8月首度在本院開刀房進行器官摘取工作，為醫療技術寫下新頁。
本院將繼續建立更多合作模式，讓大台南地區醫療資源有效運用，化競爭為合作，共創民眾、醫院及衛生主管機關三贏的態勢。
=== 日治時期 ===
*1895年11月，[[臺南縣_(日治時期)|臺南民政支部]]設立，廳舍使用清代的巡道署（今[[臺南市中西區永福國民小學|永福國小]]）。民政支部內設有軍局，由陸軍省醫官看診，此為臺南醫院之始，是全臺南最早的公營大型現代醫院（最早的民營醫院則是[[基督教]][[長老會]]辦的新樓醫院）。