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学院设有植物病理学系、昆虫学系、农药学系、烟草学系、森林保护学系和菌物资源利用等6个系；设有植物保护学博士后科研流动站，拥有植物保护学一级学科博士点，植物病理学、农业昆虫与害虫防治学、农药学、菌物学、烟草学等5个二级学科博士[[学位]]授权点，有植物病理学、农业昆虫与害虫防治学、农药学、森林保护学、菌物学、烟草学和植物保护专业学位硕士等7个硕士学位授权点，在校研究生383人；现有植物保护、制药工程 <ref>[https://www.sohu.com/a/444707084_120723458 专业篇丨制药工程：复合人才的发展方向 ]，搜狐，2021-01-15</ref> 、动植物检疫、烟草、森林保护（有害生物防控方向）、森林保护（菌物资源与利用方向）6个本科专业，在校本科生1470人。

学院现有教工56人，其中[[中国科学院]]院士1人，教授19人,副教授14人，博士生导师13人，[[硕士生导师]]34人。享受[[国务院]]特殊津贴4人，山东省专业技术拔尖人才1人，山东省有突出贡献中青年专家3人。在植物病理学科设立泰山学者特聘教授岗位。学院设有植物病理学系、昆虫学系、农药学系、烟草学系、森林保护学系和环境生物学6个系。现有植物保护、制药工程（农药方向）、动植物检疫（植检方向）、烟草、森林资源保护与游憩（森林保护与游骑方向）、森林资源保护与游憩（菌物资源与利用方向）6个本科专业，在校本科生1667人。拥有植物病理学省级重中之重建设学科、昆虫学科省级重点学科、农药学科省级重中之重建设实验室。在学校支持下投资近千万元建设完成“农业微生物重点实验室”。设有植物保护学 <ref>[https://www.sohu.com/a/150790647_700334 植物保护学院 | 植物保护专业 ]，搜狐，2017-06-21 </ref> 博士后科研流动站，拥有植物保护学一级学科博士点，植物病理学、农业昆虫与害虫防治学、农药学、植物检疫与农产品安全、环境生物学、经济微生物学等6个二级学科博士学位授权点，有植物病理学、农业昆虫与害虫防治学、农药学和森林保护学4个硕士学位授权点，在校研究生303人。学院教学、科研条件较齐全，已进入国内农业院校植保先进行列。现有昆虫标本室、植病标本室、杂草标本室、农药加工实验室、植保站、植保园区、昆虫繁育试验场各1个，实验中心拥有实验室15个，校外实践教学基地11个，温室700m2，图书资料室1个，开出实验[[项目]]205个，其中综合性实验项目34个。实验中心总面积达到1766平方米,仪器设备2200余台件，总值1350多万元。利用这些条件，圆满完成了各项教学科研任务。