1991年2月2日，大林鄉長、鎮長、國策顧問[[蕭天讚]]等各級民意首長請託[[證嚴法師]]於大林建設慈濟醫院。隔年10月，行政院衛生署行文原則同意慈濟在嘉義縣大林鎮設立醫院。1996年10月13日，大林慈院動土興建，並於2000年8月13日落成啟用，設有全臺首部配備強度調控放射治療（IMRT）模式的數位直線加速器，同年度12月7日身心醫學科病房落成啟用。
2001年1月20日，大林慈院完成首例病理解剖。6月28日通過[[區域醫院]]評鑑，11月10日完成首例腎臟移植手術<ref name=":0" /> 。
==組織架構==