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高主教書院小學部直屬於高主教書院，原與中學部共用位於[[香港]][[中環]][[半山區|半山]][[羅便臣道]]2號的校舍，但爲了讓中學部在推行[[三三四高中教育改革]]後有更大空間作教學用途，小學部於2008年8月搬遷往位於[[灣仔]][[司徒拔道]][[肇輝臺]]1E的前[[聖瑪加利書院]]校舍，同時轉為男女校。2014－2015年，陳麗儀校長退休，由呂麗青女士接任，修訂考試制度並增設測驗。2016年4月1日，原為副校長的劉薇薇女士接替呂麗青女士，擔任校長一職。劉薇薇女士其後於2017年8月榮休結束其在高主教書院小學部41年的服務，而校長一職由林銀燕女士接任。

==幼稚園部==