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十字架代表聖瑪加利以基督精神辦學。左上角三個百合花飾代表智、仁、勇三德，見諸 《 [[ 中庸 》 ]] 及 《 [[ 論語 》 ]] 。底部禾穗代表努力耕耘後得到豐收之意。

整個校徽意思聖瑪加利以基督精神辦學，朝 [[ 儒家]]'''智'''、'''仁'''、'''勇'''三德的理想，以好學的精神求智，以力行的精神履踐仁道，以知恥的精神激發上進的勇氣。將此三者作為修身的目的，持志力行，努力學習，積累豐富經驗，以求達到儒家智者不惑、仁者不憂、勇孝不懼的精神。希望師生循此方向奮鬥，自強不息，十年樹木，百年樹人，使母校能桃李芬芳，為社會培育出棟梁美材。