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1975年，天津市环境保护科学研究所成立。1997年，由天津市环境保护科学研究所经批准更名为天津市环境保护科学研究院。2011年2月和2013年8月经市编委批准，加挂天津市环境规划院、天津市低碳发展研究中心牌子。
根据2016年11月环科院官网显示，天津市环境保护科学研究院有在职及外聘人员290人，其中教授级高工17人，博士及博士后15人，具有各类执（职）业资格66人。有国家级重点实验室1个，国家级工程技术中心1个，天津市级研究中心2个，天津市级重点实验 室1 室<ref>[https://www.sohu.com/a/325933347_781156 关于组织申报天津市重点实验室的通知] ，搜狐，2019-07-10 </ref>1 个。有博士生导师1名、硕士生导师8名。截至到2016年1月，该院博士生、硕士生培养点共培养博士生14人、硕士生62人。
2017年11月，获评为第五届全国文明单位。
2002年，天津环科院与天津信托投资有限责任公司共同投资兴建了天津环科水务开发有限公司。公司采用全新的资金筹措、项目建设及运营的模式进行运作，通过技术创新及集约化管理，最大限度的降低项目建设投资和运行维护费用，为政府和公众提供了经济、高效的专业化服务。
2004年，经国家批准天津市环境保护科学研究院博士后科研工作站正式设立，同年开始招收博士后 <ref>[https://www.sohu.com/a/295830637_120070933 博士和博士后有什么区别？]，搜狐，2019-02-21</ref> 工作人员进站。
2006年7月，为了支持滨海新区开发开放，为滨海分局实施环境管理提供技术支持，组织成立滨海分院。