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在清华大学行政管理体制的框架下，理学院院级行政管理属于虚体建制，下设四个实体建制的理科系。[[数学]]科学系设置数学与应用数学 <ref>[https://www.sohu.com/a/228243596_509879 学数学与应用数学专业，很迷茫怎么办？ ]，搜狐，2018-04-14</ref> 、信息与计算科学两个本科专业，物理系设置物理学本科专业，化学系设置化学本科专业，生物科学与技术系设置生物科学本科专业。数学、物理学、化学、生物学均为一级学科博士和 硕士学位授予点。理学院现设有数学、物理学、化学和生物学四个博士后流动站。

理学院师资力量雄厚，结构合理。截至2005年底，在编教职工300余人，其中教师286人，有[[中国科学院]]院士 11人，教授或研究员154人，副教授或副研究 员102 员<ref>[http://www.360doc.com/content/20/0917/18/10932830_936263101.shtml 研究员和教授有什么区别,研究员和教授职称是怎么评定的? ]，个人图书馆，2020-09-17</ref>102 人，博士生导师127人。半数以上的教师是具有博士学位的年轻学者。他们在承担面向全校学生的数学、物理、化学和生物学基础课的教学以及本系专业课程教学的人才培养任务的同时，还承担了大量的国家自然科学基金、国家重点基础研究发展规划、国家高技术计划、国家重点攻关、中央各部委与全国各省市以及来自国际合作的科研任务。每年发表数百篇学术论文和十几部专译箸作，获得几十项科技专利、教学和科研成果奖励。