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工程物理系设有核技术及应用、技术物理、核能科学与工程管理、安全科学与技术、医学物理与工程、近代物理6个研究所。覆盖核科学与技术、安全[[科学]]与工程、物理学3个一级学科 <ref>[https://www.docin.com/p-1553111345.html 学科级别]，豆丁网，2016-04-29</ref> ，拥有7个二级学科、7个博士点、10个硕士点和1个博士后流动站；其中，核科学与技术一级学科是清华大学的传统和优势学科，连续三次在全国一级学科评估中排名第一。工程物理系坚持“理工结合、又红又专”的人才培养理念，不断改革创新，以培养输送大批高素质、高质量、具有国际化视野的核领域卓越人才为目标，在校生总体保持在1400余人的规模，其中，本科生600余人，研究生800余人。

工程物理系在编教职工109人，其中，具有正高级职称36人，副高级职称63人，包括[[中国工程院]]院士1人， [[教育部]]长江学者 <ref>[http://opinion.people.com.cn/n1/2018/0926/c1003-30313084.html 钱江晚报：长江学者，不容玷污]，人民网，2018-09-26</ref> 特聘教授3人，获国家杰出青年科学基金资助8人、优秀青年科学基金资助3人，国家万人计划5人。工程物理系承担和完成了国家重点研发计划、科技支撑计划、973、863、国家自然科学基金等一大批国家重大、重点科研项目，同时积极联合企事业单位开展合作科学研究。