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===清治時期===

[[大庄事件]]平定後，[[張兆連]]為感恩媽祖庇佑讓當時軍隊挖井找到水源於[[光緒]]十五年（1889年）捐俸建廟，並發動部屬及地方士紳共襄盛舉。張兆連還在事發地挖的井取名「靈泉井」，立碑石在旁。廟於光緒十七年（1891年）三月落成，落成後光緒皇帝賜頒「靈昭誠佑」匾額一幅。高爵、劉春元、陳炳熙同撰〈埤南天后宮碑記〉。<ref name="文化部"/><ref name="吳當"/><ref name="林建成2"/>

由當時據守台東的清代官兵出資興建，因此石碑上贊助官兵有姓元、洋、以、捐等滿人音譯的姓氏<ref name="劉人瑋2"/>。當時廟址為現在的東禪寺<ref name="吳當"/><ref name="陳清正"/>。臺灣的媽祖廟有五間官廟，此廟是清朝認證的最後一間，也是東台灣唯一的官廟<ref name="文化部"/><ref name="吳當"/><ref name="盧太城2"/><ref name="盧太城3"/>。

原在埤南寶桑-{庄}-之東海濱、光緒七年（1881年）同知[[袁聞柝]]所建的昭忠祠，在光緒九年（1893年）遭颱風吹倒，暫移祠中神主於此廟之旁，後來重建天后宮時置昭忠祠於右護室<ref name="文化部"/>。

===日治時期===