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1983年起馬偕醫療體系開始巡迴駐診，包含臺東縣[[成功鎮]]成功衛生所、[[太麻里]]衛生所，以及[[花蓮縣]][[富里鄉|富里]]衛生所等，並開辦群體醫療執業中心直到1985年。期間的1984年與臺東省立醫院（今[[衛生福利部臺東醫院|衛服部臺東醫院]]）實施醫療合作計畫，直到1985年時每個月均有十多名馬偕醫療體系的青年醫師巡迴於花蓮縣與臺東縣。1985年12月14日馬偕紀念醫院秉持「那裡有需要，就到那裡去」，在吳再成院長及地方主管官署、教界牧長、社會熱心人士積極奔走努力下，舉行破土典禮，施工一年半後於1987年8月15日，於當時仍甚為荒野的台東市鯉魚山下設立分院，落地深根在台東，也將台北的醫療技術及人才送到全台最偏遠的角落。設立後有感台東地緣的特殊性，聯外交通非常不便，我們努力扮演著台東地區唯一區域教學醫院角色，成為科別最多、設備最佳的急重症醫療後送醫院，守護著台東地區民眾的健康與生命。於此同時花蓮縣[[佛教]][[慈濟基金會]]成立[[花蓮慈濟醫院]]，鄰近的[[高雄市]]也有[[高雄長庚紀念醫院]]的成立，唯獨臺東縣當時仍未有大型醫療機構願意進駐設立分院<ref name="馬偕紀念醫院5"/>。

=== 醫院成立 ===