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1690年斯威夫特因为健康原因回了爱尔兰，但次年又回到了摩尔庄园。1692年他在赫特佛德学院获得了文科硕士学位。1694年斯威夫特对私人秘书的工作厌倦了，离开了摩尔庄园，到国教在爱尔兰新建的教堂当了牧师，后来到北爱尔兰的基尔如特当教区负责人。

1696年斯威夫特在坦普尔劝说下回到摩尔庄园，为爵士整理回忆录准备出版。这段时间他完成了《书的战争》，同时他看到了已经14岁的健康的斯特拉。

就在这个时期，斯威夫特完成了他的不朽的讽刺杰作《格列佛游记》。

此后他还写了许多满怀忧愤的讽刺作品。最著名的一个小册子叫《一个使爱尔兰的穷孩子不致成为他们父母的负担的平凡的建议》（1729年）。斯威夫特用“反语法”提出了一个“公平、全面而可行的建议”，指出爱尔兰人民已经贫困到什么地步，对残酷剥削爱尔兰人民的英国统治者提出了有力的控诉。