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化学与分子工程学院现有有机化学、[[无机化学]]、分析化学、[[物理化学]]、环境科学五个二级学科以及郑州大学国际磷化学实验室、药物研究所、工业催化研究所、应用化学研究所、电化学研究所、功能配位研究所、环境科学与研究中心，拥有“河南省高校应用化学重点实验室”、“河南省化学生物学与有机化学重点实验室”、“化学生物实验室”、分析测试中心（河南省质量认证单位）、中级化学实验教学中心和综合化学实验中心。有机化学 <ref>[https://www.sohu.com/a/60921420_188124 有机化学知识点大盘点]，搜狐，2016-02-28</ref> 、无机化学、分析化学、药物化学、工业催化为河南省重点学科，物理化学是校级重点学科，有机化学及应用是“211工程”重点建设学科。

2005～2011年化学与分子工程学院共承担[[国家]]和省部级科研[[项目]]160余项，获国家和省部级奖60余项，发明专 利20 利<ref>[https://www.sohu.com/a/460544136_121039888 如何进行发明专利查询申请]，搜狐，2021-04-13</ref>20 项，发表[[论文]]1320篇，其中SCI和EI收录514篇。近三年拥有科研经费3336万元。