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清雍正二年（1724），析长洲县地置元和县，吴、长洲、元和三县同城而治，均隶苏州府。雍正八年，设太湖水利同知，驻吴江同里；雍正十三年，太湖水利同知改为抚民厅，移驻吴县洞庭东山，割吴县东山设太湖厅，加督捕衔，专理民事，隶苏州府。　乾隆十六年（1751），乾隆第一次南巡 ，二月二十一日抵县，驻织造府行宫，传谕减免江苏秋欠地丁银228万余两，二十二日至虎丘，黄村人张宗包献吴山十元景画册，乾隆于每幅画上题诗一首。　乾隆二十二年（1757），乾隆第二次南巡，二月二十三日临虎丘，为狮子林寺题额。　乾隆二十七年（1762），乾隆第三次南巡，三月十四抵县境，至光福香雪海， [[ 雷音寺 ]] ， [[ 上虎丘 ]] 。　乾隆三十年（1765），乾隆第四次南巡，二月二十六日抵苏，到虎丘。　乾隆四十五年（1780），乾隆第五次南巡，二月抵县上虎丘。　乾隆四十九年（1784），乾隆第六次南巡，二月四日抵县境，初八登灵岩山，宿灵岩山行宫，次日至天平，书“高义园”额，十八日至虎丘禅寺。　嘉庆十五年（1810），三县共1655619人（其中吴县1170833人，长洲县266944人，元和385970人）。　嘉庆二十五年（1820），吴县、长洲、元和三县合计2975313人。当年人口密度已超过每平方公里千人，居全国之首。城区苏州为世界第一大城市。　清咸丰十年四月十三日（1860年6月20日），太平军攻占苏州府城，建苏福省，苏州为省会。省下设郡、县，苏州府改为苏州郡。十一年春，太平军在洞庭东山设东珊县，辖东、西洞庭山，隶苏州郡。清同治二年十月二十四日（1863年12月4日），清军重占苏州城，仍恢复旧制。　清光绪三十二年（1906），在洞庭西山置靖湖厅，隶属苏州府。