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1949年底，中國國民黨黨中央隨同[[中華民國政府]]遷至[[臺灣地區]]。因在大陸地區經歷[[中共]]煽動人民暴動以及為了防範共諜動搖台灣局勢，遷臺後至1980年代間，中國國民黨藉由[[戒嚴]]及[[動員戡亂]]實現[[一黨獨大]]，成為中華民國長期的執政黨。
1975年4月5日，[[中國國民黨主席|中國國民黨總裁]][[蔣中正逝世]]<ref name="年表">[[陳布雷|陳-{布}-雷]]等編著：《蔣介石先生年表》，臺北：[[傳記文學]]出版社，1978年6月1日</ref>{{rp|133}}。1975年4月28日，蔣中正之子[[蔣經國|蒋经国]]继任[[中国国民党主席]]。1981年[[中國國民黨第十二次全國代表大會|十二全會]]通過了《貫徹以[[三民主義]]統一中國案》以及《中國國民黨黨章修正案》，成立了[[三民主義統一中國大同盟]]<ref>[http://www.kmt.org.tw/hc.aspx?id=146 中國國民黨網站 歷屆全代會] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20120906055155/http://www.kmt.org.tw/hc.aspx?id=146 |date=2012-09-06 }}</ref>。1988年1月13日[[蔣經國逝世]]。1月27日，[[李登輝]]成為代理主席，7月正式成為國民黨主席。國民黨內部爆發主流派（擁李）與非主流派（反李）之爭，由李登輝領導的主流派勝出。此後，[[趙少康]]、[[郁慕明]]等人從國民黨出走，另創[[新黨]]。
[[2000年中華民國總統選舉]]敗選後，國民黨首次成為[[在野黨]]。國民黨敗選後，黨內長期不滿李登輝的人士要求其辭去黨主席一職。在[[宋楚瑜]]宣佈將在黨外組織親民黨之後，李登輝即將國民黨主席一職交予[[連戰]]代理。連戰在國民黨十五屆中央委員會接任黨主席後，宣布舉行國民黨黨員重登記，整頓國民黨黨務。2001年9月21日，由於為政治立場相左的[[台灣團結聯盟]]候選人站台，李登輝正式被國民黨開除黨籍。[[2001年中華民國立法委員選舉]]中，國民黨再度遭到挫敗，失去立法院第一大黨的地位，但連同[[親民黨]]及[[新黨]]，[[泛藍]]仍獲得過半席次。2003年2月，國民黨和親民黨決定共同推出一組候選人連戰、[[宋楚瑜]]角逐[[2004年中華民國總統選舉|2004年總統大選]]，結果以不到3萬票之差敗選。