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5月，[[中國國民黨]]籍[[立法委員]][[蔡正元]]在[[立法院]]對呼籲拒絕媒體怪獸大規模併購傳媒之[[旺旺中時併購中嘉案]]的 [[ 黃國昌 ]] 提出批評。 [[ 蔡正元 ]] 先是質疑法律研究所「這個單位有需要嗎？」接著質疑 [[ 黃國昌 ]] 認為 [[ 蔡衍明 ]] 無媒體適格性之發言，蔡威脅道：「黃國昌若繼續這樣，明年中研院法律所預算砍一半。」 [[ 黃國昌 ]] 回應說，立委在[[國會]]殿堂利用審預算要脅研究人員，打擊[[言論自由]]，「利用言論免責權赤裸裸的逼知識份子閉嘴」，令人感到可悲。<ref>[http://www.libertytimes.com.tw/2012/new/may/10/today-life7.htm 民間團體批政治清算／學者針砭旺中案 立委揚言砍預算] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20120719111340/http://www.libertytimes.com.tw/2012/new/may/10/today-life7.htm |date=2012-07-19 }}，[[自由時報]]，2012年05月10日</ref><ref>[http://www.appledaily.com.tw/appledaily/article/headline/20120510/34218895 中研院學者反巨獸 蔡正元嗆砍預算]，[[蘋果日報 (台灣)]]，2012年05月10日</ref> [[ 蔡正元 ]] 的發言也引來臺灣學術界連署向[[馬英九]]及[[陳冲 (臺灣)|陳冲]]抗議政治力企圖打壓公共言論空間，要求政府宣示反對財團透過政治手段和司法濫權侵害[[學術自由]]。<ref>[http://www.libertytimes.com.tw/2012/new/may/10/today-life7.htm 學界連署　要求馬表態反對打壓言論自由] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20120719111340/http://www.libertytimes.com.tw/2012/new/may/10/today-life7.htm |date=2012-07-19 }}，[[自由時報]]，2012/5/14</ref><ref>[http://iservice.libertytimes.com.tw/liveNews/news.php?no=640055&type=%E6%94%BF%E6%B2%BB 搶救危機邊緣的學術自由 － 台灣知識界與民間團體針對學術自由的聯合聲明]{{dead link|date=十一月 2017 |bot=InternetArchiveBot }}，台灣連署資源運籌平台</ref>

7月， [[ 黃國昌 ]] 、 [[ 鄭秀玲 ]] 、 [[ 張錦華 ]] 、 [[ 林惠玲 ]] 、劉靜怡、[[管中祥]]、[[國立政治大學]]法學院 [[ 林佳和 ]] 、中研院法律所 [[ 邱文聰 ]] 、臺大物理系 [[ 楊信男 ]] 、臺大電機系 [[ 林宗男 ]] 、[[台灣新聞記者協會]]會長陳曉宜等學者與媒體代表共同發表「請以台灣為念 捍衛民主價值 守護新聞自由 －－ 反對媒體巨獸 NCC行動聲明」，並前往NCC提交要求駁回[[旺旺中時併購中嘉案]]之請願書。<ref>[http://www.coolloud.org.tw/node/69760 請以台灣為念 捍衛民主價值 守護新聞自由 反對媒體巨獸NCC行動聲明]，反對媒體巨獸公民聯盟，2012/07/24</ref><ref>[http://www.appledaily.com.tw/realtimenews/article/new/20120725/134046/ 「0725行動」今上場　學者記協NCC前反旺中案]，[[蘋果日報 (台灣)]]，2012/07/25</ref>