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农业部淡水生物多样性保护与利用重点开放实验室是根据“第五轮农业部重点开放实验室建设申报工作的通知”精神，以“农业部淡水鱼类种质资源与生物技术重点开放实验室”为基础，联合“华中农业大学淡水水产增养殖生物学重点实验室”共同申报的。《农业部关于发布第五轮农业部重点开放实验室建设名单的通知》（农科教[2008]3号）将其列入第五轮农业部重点开放实验室建设“水产与海洋资源类”。 农业部淡水生物多样性保护与利用重点开放实验室将在原农业部淡水鱼类种质资源与生物技术实验室的基础上建设，以长江水产研究所的优势学科和人员为主（约占实验室2/3），联合华中农业大学淡水水产增养殖生物学重点实验室的优势学科和人员（约占实验室的1/3），主要研究遗传多样性与种质资源改良、物种多样性保护与保存、人类活动与淡水生态系统多样性、淡水生物多样性管理、淡水鱼类健康养殖五个方面的内容。