经过近20年的发展，设施农业工程重点开放实验室已形成了紧密结合我国农业生产与农业科技发展需要的五个相对稳定、具有鲜明特色的主要研究方向，分别为设施园艺环境工程、动物养殖环境工程、农业建筑工程与规划、农业资源利用与能源生态环境工程、农业水资源与水环境工程。