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南京农业大学具有较好的研究生培养条件和指导力量，现有8个国家级重点学科，7个江苏省重点学科，9个农业部重点学科；11个[[博士后流动站]] <ref>[https://www.sohu.com/a/349727047_419916 339个博士后流动站获批！哪些高校表现优秀？]，搜狐，2019-10-26</ref> ，12个一级学科博士学位授权点、17个一级学科硕士学位授权点，62个博士学科专业，102个硕士学科专业，以及兽医博士、兽医硕士、农业推广硕士、工程硕士、风景园林硕士、公共管理硕士（MPA）等六种专业学位授予权。培养研究生的学科专业涉及[[哲学]]、[[经济学]]、法学、文学、[[历史学]]、理学、工学、农学、[[医学]]和管理学10个学科门类，有博士研究生指导教师180人，硕士研究生指导教师460人，有国务院学位委员会学科评议组成员8名。1978年以来累计招收和培养了近9000名研究生，其中博士研究生近1500名。在校研究生5200多人，其中博士研究生1300多名、硕士研究生2900多名、专业学位研究生1000多名；[[博士后]]研究人员54人。经过几十年的发展，南京农业大学已成为我国培养高层次农科专门人才的重要基地。

“十五”以来，[[国家自然科学基金]] <ref>[https://www.163.com/dy/article/G0MKVFME0511DCTQ.html 重磅！2021国家自然科学基金项目指南发布]，网易，2021-01-19</ref> 、科技部、[[教育部]]、农业部等各级、各类项目立项1581项，获立项经费5.28亿元，纵向到位科研经费以每年20%的速度递增，年获国家自然科学基金项目经费超过1500万元，在全国高校中位居前列。获国家、部省级科技成果奖64项，其中国家级奖5项。李显春博士的一篇论文2002年10月在《Nature》上发表，是我国农业高校在《Nature》上发表的第二篇论文。我校有6篇博士学位论文被评为全国百篇优秀博士论文。《南京农业大学学报》2005年度影响因子上升至0.596，2005年、2006年连续获得第四、第五届“百种中国杰出学术期刊奖”，2006年度获“首届中国高校精品科技期刊奖”，2004年度获全国高校优秀期刊评比一等奖、第二届江苏期刊方阵“双十佳”期刊奖；2003年度获“第二届国家期刊奖重点期刊奖”、“百种中国杰出学术期刊”。学校充分发挥自身学科及人才优势，主动为社会发展服务、为“三农”服务，创造了巨大的[[经济效益]]和[[社会效益]]，多次被评为国家和江苏省科教兴农、科技扶贫工作先进单位。