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第二军医大学研究生院于2000年6月经教育部批准试办，2004年9月教育部批准正式成立，是全军 三所研究生院之一。设招生处、教学培养处、学位与学科建设处，是学校学位与研究生教育和学科建设工作的管理机构。 我校自1955年开始招收培养研究生，是国家首批博士、硕士学位授权单位和首批在职人员申请硕士、博士学位单位和放权免检单位，也是国家首批临床医学专业学位博士、硕士两级授权试点单位。