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截至2018年9月，中国教育科学研究院在中国东中西部建有教育综合改革实验区和若干所实验校，与数十个国家和国际组织的教育研究机构建立了交流与合作关系。中国成人教育协会、中国陶行知研究会、中华孔子学会、陶行知教育基金会、中国地方教育史志研究会等一级学会挂靠研究院。