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根据2019年2月研究所官网显示，生态环境部南京环境科学研究所有在职职工444人，其中中国工程院院士1名、高级职称117人、博士130人。截至2018年10月，[[研究所]]有3位专家入选国家环境保护专业技术领军人才、4位入选青年拔尖人才、2位入选国家“百千万人才”、14位专家入选江苏省“333”高层次人才<ref>[http://rsc.njmu.edu.cn/_t80/2012/0210/c2000a25320/page.htm 江苏省“333高层次人才培养工程”培养与管理暂行办法 ]，南京医科大学人事处，2012-02-10 </ref>，享受[[政府特贴专家]]14人。

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