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真菌学国家重点实验室的发展史可追溯于1953年1月成立的以戴芳澜院士为主任的真菌植病研究室。在此基础上，1956年12月成立中国科学院应用真菌学研究所，并成为于1958年12月成立的中国科学院微生物研究所的建所基础，原“应用真菌研究所”成为微生物所的“真菌研究室”（简称“一室”），邓叔群院士任主任，王云章研究员任副主任。1985年8月，作为中国科学院首批开放实验室之一，“真菌地衣系统学开放研究实验室”在“一室”的基础上成立，魏江春院士任主任，庄文颖院士于1988年回国后任副主任。2001年11月，更名为“中国科学院真菌地衣系统学重点实验室”。2011年10月，科技部正式批准建设“真菌学国家重点实验室”。2013年10月，实验室顺利通过建设期验收。