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中国科学院微生物研究所于1989年3月正式向[[中国科学院]]和国家计委申请利用[[世界银行]] <ref>[https://www.sohu.com/a/219545678_120702 世界银行是什么组织] ，搜狐，2018-01-29</ref> 贷款建立微生物资源前期开发国家重点实验室，同年6月获得批准。1991年12月，实验室的建设工作正式启动。1993年12月，经专家组论证、中国科学院批准，实验室正式对外开放。1995年12月，实验室通过了国家计委验收。1998年3月，中国科学院对实验室进行了评估。1999年7月，[[实验室]]进入了中国科学院知识创新工程。2001年6月，实验室通过了国家评估。现任实验室主任为东秀珠研究员，学术委员会主任为赵国屏院士。

实验室共有固定人员39人，包括研究人员33人，[[技术]]人员5人，管理人员1人。其中，国家杰出青年基金 <ref>[https://www.sohu.com/a/412621892_260616 2020年度国家杰出青年科学基金项目申请人名单公布] ，搜狐，2020-08-11</ref> 获得者3人，中国科学院“百人计划”入选者5人，19人具有[[博士]]学位，21人具有[[高级职称]]。50岁以下中青年科研人员28人，占72%。