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北京大学现代农学院，为适应我国发展现代农业的需要，将国家重大需求与北京大学的学科优势相结合，开展高起点、高标准、国际一流的前沿农业研究和人才培养，北京大学于2014年10月决定成立北京大学现代农学院（筹）。2014年12月16日，北京大学第852次校长办公会、中共北京大学第十二届党委第94次常委会审议通过了《北京大学现代农学院（筹）建设规划》，同意正式启动“北京大学现代农学院”筹建工作。北京大学现代农学院（筹）是自《北京大学章程》正式颁布后，学校严格根据章程规定完成论证审批的第一个校属实体学术机构。
2017年12月13日，北京大学现代农学院正式成立 <ref>[https://www.sohu.com/a/218857449_770458 北京大学现代农学院正式成立！]，搜狐，2018-01-25</ref> 。
2018年1月29日，北京大学林建华校长代表学校向许智宏院士颁发了首任院长聘书。
1949年，北京大学农学院、清华大学农学院与华北大学农学院合并组建北京农业大学，但北京大学对于农学的研究始终弦歌未绝，应用化学、生物技术与应用微生物、毒物学、医药化学、教育科学、老年病学等领域均进行了大量的农学边缘学科、农学核心学科领域研究。
随着我国社会、经济的进一步发展，现代农业科学的重要性愈加凸显。加快发展现代农业，既是转变经济发展方式、全面建设小康社会的重要内容，也是提高农业综合生产能力、增加农民收入、建设社会主义新农村的必然要求。党的“十八大”报告提出“四化同步”，明确指出“坚持走中国特色新型工业化、信息化、城镇化、农业现代化道路，推动信息化和工业化深度融合 <ref>[https://www.sohu.com/a/317766872_114837 信息化和工业化的深度融合，能创造什么？] ，搜狐，2019-05-31 </ref> 、工业化和城镇化良性互动、城镇化和农业现代化相互协调，促进工业化、信息化、城镇化、农业现代化同步发展”。
在此背景下，为适应我国发展现代农业的需要，将国家重大需求与北京大学的学科优势相结合，开展高起点、高标准、国际一流的前沿农业研究和人才培养，北京大学2014年10月决定成立北京大学现代农学院（筹），并于2017年12月13日去筹正式成立了北京大学现代农学院。