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北京大学工学院将采取与国际先进大学教育体制接轨的管理模式。工学院在教学科研等行政方面实行院长负责制，在学校统一规划和授权下，学院享有独立的用人权、财务权和学术管理权。 北京大学工学院员工实行国际通行的聘任制度(Tenure-Track)。招聘的方向和人数由院长，副院长和系主任等有关人员协商后决定。被招聘的教职人员由工学院组织招聘委员会评审、面试和投票确定。授聘与否最后由院长根据招聘委员会推荐，工学院资源，被招聘人员的研究方向和能力，发展潜力和教学能力等决定。经北京大学校长授权，由工学院院长代表学校与受聘人员签订聘用合同，并根据合同进行管理。