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医院有国家中医药管理局重点研究室1个（西北地区中医骨伤药物疗法），省级重点实验室1个（甘肃省中医方药挖掘与创新转化），省级工程实验室1个（甘肃省医院中药制剂研发工程中心）。有国家级重点学（专）科12个，省级重点学（专）科19个，国家中医药管理局区域专科诊疗中心2个（骨伤科、老年病科）；省级临床医学中心2个（骨伤科、脑病科），院级重点学（专）科及建设项目6个。其中骨伤科是国家卫健委、国家中医药管理局重点专科、重点学科，甘肃省骨伤科临床医学中心，甘肃省骨关节退行性疾病临床医学研究中心。脑病科为甘肃省临床医学中心、甘肃省重大疑难疾病（脑梗死）中西医临床协作试点项目牵头单位，是国家卫健委、国家中医药管理局重点专科。脾胃病科和中医护理为国家中医药管理局重点专科。老年病科、内分泌科、临床药学为国家中医药管理局“十二五”重点专科，中医痹病学、中医血液病学、临床中药学、中医文化学为国家中医药管理局“十二五”重点学科。