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王序主要从事杂环化合物、糖类化合物、[[核苷酸]] <ref>[https://www.sohu.com/a/432507610_120469202 核苷酸的秘密作用是什么？3分钟带您了解全面]，搜狐，2020-11-17</ref> 以及中药活性成分的研究。

曾对中草药射干、[[丹参]]、土大黄、[[益母草]] <ref>[https://www.sohu.com/a/295478056_100281681 益母草的功效与作用]，搜狐，2019-02-18</ref> 等的成分结构进行研究。在研究香豆素类合成中发展了稠环角甲基的合成方法。[[20世纪]]50年代以后主要从事杂环化合物、糖类化合物、核苷酸及中药活性成分的研究。在我国最早组织了以酶和受体为靶筛选常用中药，从200多种[[中药]]的600多个提取物的研究中获得有意义的活性成分信息。在抗肿瘤药物的研究中，系统研究了硫代糖和去氧糖的合成以及嘧啶、嘌呤类核苷酸的合成，其中一些三嗪类化合物和它们的核苷，经证明是有效的抗癌剂。