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[[ 太平洋製藥公司 ]] 的宣傳部部長多胡，因為在他電視台的「世界驚異系列」收視率不佳，試圖在 [[ 所羅門群島 ]] 的 [[ 法魯島 ]] 採訪巨大魔神—金剛。另一方面，聯合國派出特勘隊搭乘核能潛艇，探查海上發光的冰山，不料正面撞上了那發光的冰山，而發光冰山突然崩裂，原子大怪獸－哥吉拉出現，並且摧毀聯合國的艦艇，艦艇上的各國聯合大使全數罹難。此後，哥吉拉登陸了，不但破壞了北極基地，更朝向日本接近。而多胡派出的探員櫻井和古江在法魯島已經找出金剛的行蹤，但卻差點成為島上土著人民的獵物，經過協調酋長才勉為其難讓兩人留下。

當晚古江因不適熱帶氣候而發高燒，在旁照顧他的酋長兒子想到海邊茅屋拿些紅果汁給古江喝，卻不料碰上巨大的八爪章魚突然出現襲擊村民，在所有人面臨危機之刻，魔神金剛被喚醒，並出現打跑章魚怪，後來村民為了安撫金剛，讓其喝下紅果汁後，在歌聲的催眠下，金剛便沉睡了過去。多胡搭乘第二新盛號船和櫻井及古江會合，準備把金剛一起運回到 [[ 日本 ]] 。

隔天，第二新盛號船在運輸途中，金剛突然驚醒，眾人情急之下引爆承載金剛的竹筏上的炸藥，金剛沉入海中。之後金剛從那須原登陸，以動物與動物之間的感應本能朝哥吉拉而去，此時的金剛和哥吉拉碰頭，展開了一系列的大對決，起初金剛因害怕哥吉拉所吐之高溫熱線，稍稍落敗。此後，哥吉拉繼續往 [[ 東京 ]] 方向前進，但由於四周都是高壓電塔，害怕電流的哥吉拉只好沿著周邊移動，一直到富士山。

當晚，金剛來到東京並大肆破壞，它推倒了高壓電塔，並吸收了電能。此時一輛列車經過，剛好是美子乘坐在其中，金剛攔截了列車並抓走美子，到東京國會大廈停了下來，防衛隊發射多胡從巴魯島帶回來的 [[ 麻醉劑 ]] －紅果汁，並由櫻井拍打當地原住民的鼓，使金剛又昏睡過去。後來他們運用藤田製作的特殊纖維的繩子，綁著金剛運送到哥吉拉出現的地點，此時金剛也甦醒了，遇上哥吉拉展開一番激戰。