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400系列新干线的车身宽度和在来线列车相同，同时由于列车和在新干线区间的月台间产生了缝隙，400系列车的车门特别装置了上下车踏板收纳装置，在新干线的各站停车时会自动地伸出，以填补列车和[[月台]]之间的间隙。
为了在新干线区间与山彦号并结行驶，在第11号车厢车头设有自动 [[ 连结器 ]] 及分离装置，这也是在新干线系统上首次使用。从山形新干线开业到2001年9月20日止与200系一起联结，自2001年9月20日到2010年为止的[[营业]]驾驶则只与E4系联结。
在客室窗户方面，绿色[[车厢]]采用每列座位1个小窗，普通车厢则采用每2列座位1个大窗<ref>[https://www.bilibili.com/read/cv3429420/ 新干线车辆科普(7):400系新干线 ]，哔哩哔哩， 2019-8-22</ref>。