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1948年東渡海峽，沉耀初應朋友之邀，隻身赴台灣求生求藝，不料海峽兩岸隔絕交通獨自一人居留台灣長達42年，一生隱居農場以繪畫為最大樂事，在繼承中國大寫意花鳥畫傳統的基礎上創造了自己的風格，推動了中國傳統大寫意花鳥畫的發展。1973年8月，沈耀初在台灣歷史博物館舉辦個人畫展，震動畫壇，翌年獲台灣畫學會最高榮譽金爵獎；1983年台灣評選十大美術家，沈耀初與張大千等並列入選，1976年和1990年先後在台灣出版《沈耀初畫集》。1990年，沈耀初回故鄉定居，攜帶平生100多幅作品，籌建[[沈耀初美術館]]，同年10月24日在詔安病逝。