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衢州市卫生局现有12个直属医疗卫生[[事业单位]]，局机关内设办公室、医政与基层卫生处、疾控处、卫生监督处（法制处）、规财处、食品安全协调监察处等五个职能处室，主要职责是:
（一）贯彻执行党和国家的卫生工作方针、政策、[[法律]]、法规、技术标准，研究制订卫生改革 <ref>[https://www.sohu.com/a/286971257_99952073 卫生计生：持续深化医卫改革 推进健康衢州建设]，搜狐，2019-01-05</ref> 与发展规划，起草卫生、食品安全等政府规范性文件，推进医药卫生体制改革。
（二）负责组织实施[[国家基本药物制度]]，贯彻国家基本药物目录和相关政策；负责组织全市医疗卫生机构医疗器械的集中采购和监督管理。
（十）负责卫生应急工作，制定卫生应急预案和[[政策]]措施，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估，指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置，发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（十一）组织制定中医药、民族医药发展 <ref>[https://www.hygx.org/article-23413-1.html 国家中医药管理局 推动民族医药事业发展]，国学网络，2016-04-18 </ref> 规划，并纳入卫生事业总体发展规划，负责中医药的继承、创新和中西医结合工作，统筹协调中西医发展。
（十二）指导规范卫生行政执法工作，依法负责职业卫生的监督管理；按照[[职责]]分工负责放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理，负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理，负责传染病防治监督。承担市区建成区范围内的卫生监督工作。