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新疆维吾尔自治区审计厅，是新疆维吾尔自治区人民政府工作部门，是自治区人民政府的审计机关。
根据《自治区党委、自治区人民政府关于自治区党委和自治区人民政府机构设置的通知》（新党委字[2000]20号），设置新疆维吾尔自治区审计厅（以下简称自治区审计厅）。自治区审计厅为自治区人民政府组成部门，是自治区人民政府的审计机关。
==职能调整==
（一）划出的职能
将指导和管理社会审计的职能划归自治区财政厅。
（二）新增的职能
1．依据《中华人民共和国审计法》、《中华人民共和国预算法》的规定，审计监督自治区区级预算执行情况和其他财政收支。
2．向自治区有关部门、直属事业单位派出审计机构。
3．按规定组织对党政领导干部和国有企业法定代表人进行任期经济责任审计。
4．审计监督社会保障资金和环境保护资金。[2]
==主要职责==
根据以上职能调整，自治区审计厅的主要职责是：
（一）贯彻执行国家有关审计工作的方针政策，参与草拟地方性审计法规；制定审计规章制度并监督执行情况；组织领导、协调监督各级审计机关的业务。
（二）向自治区人民政府报告和向自治区有关部门通报审计情况，提出制定和完善有关政策法规、区域经济调控措施的建议。
（三）依据《中华人民共和国审计法》的规定，直接进行下列审计：
1．自治区财政预算执行情况和其他财政收支。
2．自治区人民政府各部门、直属事业单位及所属单位的财务收支。
3．地州市政府（行署）预算执行情况和决算。
4．地方金融机构的资产、负债和损益状况。
5．自治区人民政府有关部门管理的和受自治区人民政府委托由社会团体管理的社会保障基金、环境保护资金、社会捐赠资金及其他有关基金、资金的财务收支。
6．负责对国有企业的资产、负债、损益进行审计监督。 7．负责对国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支进行审计监督。
8．其他法律法规规定应由自治区审计厅进行的审计。
（四）向自治区主席提交自治区预算执行情况的审计结果报告；受自治区人民政府委托向自治区人大常委会提出自治区预算执行情况和其他财政收支审计工作报告。
（五）组织实施对贯彻执行国家财经方针政策和区域经济调控措施情况的行业审计、专项审计和审计调查；按规定组织对党政领导干部和国有企业法定代表人进行任期经济责任审计；指导各级审计机关对党政领导干部进行任期经济责任审计；依法受理被审计单位对审计机关审计决定的复议申请。
（六）与地州市人民政府（行署）共同领导地州市审计机关，协同办理地州市审计机关负责人的任免事项。
（七）根据有关法律法规和自治区人民政府规定，配合稽察特派员对自治区国有重点大中型企业和国家重点建设项目进行审计监督；组织对其他国有企业和国家建设项目的审计监督。
（八）承担审计署授权的审计事项；组织实施对内部审计工作的指导与监督；监督社会审计组织的审计业务质量；组织审计专业培训。
（九）管理向自治区有关部门、直属事业单位派出的审计机构。
（十）承办自治区人民政府交办的其他事项。
根据《自治区党委、自治区人民政府关于自治区党委和自治区人民政府机构设置的通知》（新党委字[2000]20号），设置新疆维吾尔自治区审计厅（以下简称自治区审计厅）。自治区审计厅为自治区人民政府组成部门，是自治区人民政府的审计机关。
==职能调整==
（一）划出的职能
将指导和管理社会审计的职能划归自治区财政厅。
（二）新增的职能
1．依据《中华人民共和国审计法》、《中华人民共和国预算法》的规定，审计监督自治区区级预算执行情况和其他财政收支。
2．向自治区有关部门、直属事业单位派出审计机构。
3．按规定组织对党政领导干部和国有企业法定代表人进行任期经济责任审计。
4．审计监督社会保障资金和环境保护资金。[2]
==主要职责==
根据以上职能调整，自治区审计厅的主要职责是：
（一）贯彻执行国家有关审计工作的方针政策，参与草拟地方性审计法规；制定审计规章制度并监督执行情况；组织领导、协调监督各级审计机关的业务。
（二）向自治区人民政府报告和向自治区有关部门通报审计情况，提出制定和完善有关政策法规、区域经济调控措施的建议。
（三）依据《中华人民共和国审计法》的规定，直接进行下列审计：
1．自治区财政预算执行情况和其他财政收支。
2．自治区人民政府各部门、直属事业单位及所属单位的财务收支。
3．地州市政府（行署）预算执行情况和决算。
4．地方金融机构的资产、负债和损益状况。
5．自治区人民政府有关部门管理的和受自治区人民政府委托由社会团体管理的社会保障基金、环境保护资金、社会捐赠资金及其他有关基金、资金的财务收支。
6．负责对国有企业的资产、负债、损益进行审计监督。 7．负责对国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支进行审计监督。
8．其他法律法规规定应由自治区审计厅进行的审计。
（四）向自治区主席提交自治区预算执行情况的审计结果报告；受自治区人民政府委托向自治区人大常委会提出自治区预算执行情况和其他财政收支审计工作报告。
（五）组织实施对贯彻执行国家财经方针政策和区域经济调控措施情况的行业审计、专项审计和审计调查；按规定组织对党政领导干部和国有企业法定代表人进行任期经济责任审计；指导各级审计机关对党政领导干部进行任期经济责任审计；依法受理被审计单位对审计机关审计决定的复议申请。
（六）与地州市人民政府（行署）共同领导地州市审计机关，协同办理地州市审计机关负责人的任免事项。
（七）根据有关法律法规和自治区人民政府规定，配合稽察特派员对自治区国有重点大中型企业和国家重点建设项目进行审计监督；组织对其他国有企业和国家建设项目的审计监督。
（八）承担审计署授权的审计事项；组织实施对内部审计工作的指导与监督；监督社会审计组织的审计业务质量；组织审计专业培训。
（九）管理向自治区有关部门、直属事业单位派出的审计机构。
（十）承办自治区人民政府交办的其他事项。