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北京科学仪器装备协作服务中心成立于1996年10月，上级主管部门是北京市科学技术委员会 <ref>[http://kw.beijing.gov.cn/col/col742/index.html 北京市科委主要职责 ]，北京市科学技术委员会，2020-01-18</ref> 。中心成立的目的是为了发挥北京地区科学仪器装备资源优势，增强北京地区科学仪器装备共享能力，提高科学仪器装备的协作水平。中心的成立是中央和地方合作对科教条件管理改革的一项重要举措。

1997年5月，由科技部、教育部、国家自然科学基金委、中科院、北京市科委联合发起并筹集了2000万元，建立了北京科学仪器协作共用资金和北京科学仪器协作共用网，并出台了管理办法，由北京科学仪器装备协作中心负责运作，服务于科技创新性企业 <ref>[http://tj.people.com.cn/n2/2020/0729/c375366-34190451.html 2019年中国科技创新领军企业达到218家 ]，人民网，2020-07-29</ref> 和科技攻关项目。