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北京市自然科学基金委员会办公室（以下简称“基金办”）承担基金委的日常工作，负责自然科学基金资助工作的具体实施和管理，下设研究发展部、学科管理部、项目与成果管理部和综合管理部。其职能包括：组织基础性研究，提高创新能力，培养优秀人才。按照《北京市自然科学基金委员会章程》管理基金，制定相应管理办法，资助基础性研究项目、科技出版物、对华科技交流、学术会议和实验室建设。编制、发布《发展规划》、《项目指南》、《申请书》及相应软件，组织科技培训、咨询、服务、成果转让等。