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温州市审计局是主管审计工作的市政府工作部门。依照《中华人民共和国审计法》之规定，温州市审计局是温州市 <ref>[http://www.wenzhou.gov.cn/col/col1214428/index.html 走进温州 ]，温州市人民政府</ref> 依法独立行使审计监督权的审计机关，在市长和浙江省审计厅的领导下，负责温州市的审计工作。
2018年12月，机构改革中优化市审计局职责，将市发展和改革委员会的重大项目稽查职责、市财政局的预算执行情况和财政收支情况监督检查职责、市政府国有资产监督管理委员会的相关经济责任审计职责以及市属国有企业监事会等职责划入市审计局。
（十）必要时，可对下级审计机关管辖范围内的重大审计事项直接进行审计。
（十一）组织实施对贯彻执行国家财经方针政策 <ref>[https://www.xuexila.com/news/licai/2369010.html 2017年我国财政政策 ]，学习啦,2017-01-10 </ref> 和宏观措施情况的行业审计、专项审计和审计调查。办理市政府、上级审计机关交办的其他事项。
（十二）组织实施对内部审计工作的指导与监督；监督检查社会审计组织的审计业务质量。