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主机系统由 [[中国科学院]]计算技术研究所研制、曙光信息产业( 北京)有限公司制造，2010年5月经世界超级计算机组织实测确认，运算速度达每秒1271万亿次(峰值3000万亿次)，排名世界第二 ，该项目是国家863计划、 [[广东|广东省]]和深圳市重大项目 <ref>[https://www.sohu.com/a/270712178_119778 超级计算机：高科技神器越来越接地气 ]，搜狐，2018-10-23</ref> 。

深圳超算采用由中科院和[[曙光公司]]联合研制的曙光6000超级计算系统，该系统整体计算能力实测峰值为1.271千万亿次浮点运算（1.271PFLOPS）。于2011年11月16日投入运行 <ref>[http://www.chinadaily.com.cn/dfpd/2011szgjh13/2011-11/18/content_14121838.htm 国家超级计算深圳中心运行启动仪式隆重举行 ]，中国在线，2011-11-18</ref> 。